Maisto žaliavos ir produktų kokybė vertinama fiziniais, cheminiais ir mikrobiologiniais kriterijais. Vienas iš svarbiausių veiksnių, lemiančių maisto kokybę, yra mikrobiologinė tarša, kuri prasideda nuo grūdų, sėklų, daržovių, bulvių, vaisių, uogų žaliavos išauginimo, tęsiasi produktus laikant ir realizuojant, o baigiasi tik suvartojus.

Mikrobai yra neišvengiama ir visur esanti gyvybės forma. Bakterijos, grybai, pirmuonys, virusai ir dumbliai yra mikroskopiniai organizmai, kurie aptinkami beveik visur Žemėje. Dauguma šių mikrobų yra sudėtingų maisto grandinių, nuo kurių priklauso visų gyvybės formų išlikimas ir egzistavimas, pradžia ir pabaiga. Dėl to jie yra labai svarbūs žmonėms ir kitiems organizmams. Iš visų apie 100 trilijonų ląstelių žmogaus kūne maždaug dešimtadalis yra ne tikros ląstelės, o mikrobai. Virusai, bakterijos, grybeliai ir kiti mikroorganizmai žmogaus organizme sudaro trilijonus ląstelių.

Augalai visais savo gyvavimo etapais glaudžiai kontaktuoja su gyvais ir negyvais aplinkos objektais ir gausybe mikroorganizmų, kurie egzistuoja ir funkcionuoja jų paviršiuje ir viduje.

Žemės ūkio produktų sandėlyje susiformuoja palankios sąlygos mikroorganizmams vystytis. Sandėlio mikrobinį užterštumą lemia atvežamų į sandėlį produktų kokybė, jų tarša mikrobiota, laikymo sąlygos. Aplinkos oro drėgnis ir temperatūra yra svarbiausi mikroorganizmų vystymosi veiksniai, kurie reguliuojami naudojant įvairias ventiliacijos ir mikroklimato valdymo sistemas. Mikrobiologinio užterštumo kontrolei sandėliuose taip pat plačiai naudojamos prevencinės priemonės: plovimas, dažymas, dezinfekcinės priemonės ir kitos.

Vaisiai ir daržovės gali būti užteršti bet kuriuo gamybos grandinės etapu. Taršos šaltinius galima suskirstyti į dvi didesnes grupes – taršos šaltinius prieš ir po derliaus nuėmimo. Kalbant apie taršos šaltinius prieš derliaus nuėmimą, svarbūs yra dirvožemis, taip pat laistymui, pesticidų ir kitų agroproduktų išpurškimui naudojamas vanduo, dulkės, netinkamai kompostuotas mėšlas ir galiausiai žmonių sąveika su šiomis daržovėmis įvairiais gamybos etapais.

Po derliaus nuėmimo taršos šaltiniai yra derliaus nuėmimo įranga, žmonių elgesys, vabzdžiai, laukiniai ir naminiai gyvūnai, gabenimo būdai, perdirbimas, įrangos dulkės ir plovimo vanduo. Plaunant šviežius produktus tvenkinio ir upės vandeniu, kyla didesnė užteršimo rizika, nes šiuose vandenyse gali būti kai kurių patogeninių mikrobų.

Sandėliuojamų daržovių nuostolius pagal kilmę, pasireiškimą ir plitimą sukeliančias priežastis galima suskirstyti į penkias grupes.

Patogeninių mikroorganizmų (grybų, bakterijų) sukeltos ligos. Augalai užsikrečia per vegetaciją. Didžiausią pavojų laikomai produkcijai kelia infekcija, kuria daržovės užsikrečia vegetacijos pabaigoje. Toliau infekcija plinta transportuojant ir laikant, ypač kai nesilaikoma būtinųjų sąlygų.

Šiai grupei priklauso sandėliuose laikomos produkcijos gedimus sukeliančios ligos, kurių priežastys yra patogeniniai grybai Sclerotinia, Botrytis, Alternaria, Fusarium, Phoma, Phytophthora, Phomopsis, Colletotrichum, Pythium, Rhizoctonia ir bakterijos Erwinia, Pseudomonas, Corynebacterium, Xanthomonas, Clostridium, Cytophaga, Bacillus.

Sandėliuose susidaro plintantys infekcijos židiniai. Be tiesioginių ekonominių nuostolių, kai kurios grybų rūšys paveiktose vietose gali išskirti toksinių metabolitų, galinčių kelti pavojų žmonių sveikatai. Grybai Aspergillus niger, Mucor hiemalis, Mucor murorum, Penicillium corymbiferum, Penicillium expansum, Penicillium funiculosum ir Trichoderma viride laikomi potencialiais mikotoksinų producentais. Daugelio šalių mokslininkai įvardija pavojų, kurį sukelia šios mikroorganizmų grupės sintetinami ir išskiriami į aplinką toksiški antriniai metabolitai, galintys sukelti funkcinius, vėžinius, psichinius sveikatos sutrikimus. Kiekvienos rūšies grybams būdingi saviti metabolitai, kurių sintezės intensyvumą lemia individo prigimtinės savybės ir aplinka, kurioje vyksta toksinų sintezės procesai.

Virusų, mikoplazmų sukeltos ligos (mozaikos, vidinė nekrozė, strikas, bronziškumas, deformacijos, rauplės, dėmėtligės). Augalai apsikrečia per vegetaciją. Sandėliuose pakartotinai produkcija neapsikrečia, tačiau susidaro sąlygos antrinei infekcijai atsirasti.

Specifinės sandėlio ligos, kurias sukelia grybai ir bakterijos, besivystantys ant negyvų ar mechaniškai pažeistų audinių. Tai pelėsiniai Penicillium, Aspergillus, Rhizopus, Cladosporium genčių grybai, šlapiasis bakterinis puvinys (Erwinia). Sandėliuose infekcija plinta pakartotinai.

Fiziologinės kilmės arba funkcinės ligos (vidinis audinių nykimas, rudavimas, nekrozės) pasireiškia dėl sutrikusio augalų vystymosi, maistinių elementų trūkumo, temperatūros, drėgmės, stresinio poveikio, vėdinimo stokos. Sandėliuose pakartotinai neapsikrečia.

Nematodų, šakninių erkių, vabzdžių pakenkimai. Nukenčia produkcijos prekinės savybės, susidaro prielaidos tiek patogeniniams, tiek saprotrofiniams mikroorganizmams vystytis.

Kokią produkciją išauginsime ir kokia bus jos kokybė, lemia dirvožemio savybės, veislė, agrotechnika, augalų priežiūra ir augimo sąlygos, derliaus nuėmimas, transportavimas, sandėlių ir saugyklų paruošimas ir laikymas. Siekiant sulėtinti sandėliuojamų produktų gedimo procesus ir užkirsti su tuo susijusį neigiamą poveikį valgytojams, svarbu laikytis higienos, sanitarijos reikalavimų, geros žemės ūkio produkcijos auginimo, derliaus nuėmimo, transportavimo, sandėliavimo, produkcijos ruošimo praktikos.