Kai pridėtinės vertės mokesčio mokėtojo atskaitytas pirkimo PVM viršija mokėtiną PVM, susidaro grąžintina iš biudžeto pridėtinės vertės mokesčio suma. Šią susidariusią permoką galima susigrąžinti arba įskaityti kitiems mokesčiams sumokėti.

PVM mokėtojas, norėdamas įskaityti ar susigrąžinti PVM iš biudžeto, turi mokesčių inspekcijai pateikti prašymą - formą FR0781. Formos pildymo taisyklėse nustatyta, kad prašymą mokesčių mokėtojas abiem atvejais teikia apskrities VMI, kurios administruojamojoje teritorijoje yra įregistruotas ar turi nuolatinę gyvenamąją vietą. Prašymas gali būti pateiktas:

• įteikiant jį apskrities VMI darbuotojui;
• siunčiant klasikiniu paštu;
• užpildant kompiuteriniu būdu ir atsiunčiant nurodytu elektroniniu paštu vietos mokesčių administratoriui arba per VMI interneto svetainėje www.vmi.lt sukurtą aplikaciją.

Mokesčių administratorius, gavęs prašymą elektroniniu paštu, turi išsiųsti mokesčių mokėtojui patvirtinimą, kad prašymas gautas. Jeigu elektroniniu paštu pateiktame prašyme įrašyti duomenys yra neteisingi ar netikslūs, arba trūksta duomenų, kad būtų galima priimti sprendimą, asmeniui jo nurodytu elektroninio pašto adresu siunčiamas pranešimas ir nurodoma, kokie duomenys turi būti pataisyti arba kokie dokumentai turi būti  pateikti.

Jeigu asmuo susidariusią PVM permoką prašo grąžinti, mokesčių inspekcija turi teisę patikrinti prašymo grąžinti mokesčio permoką pagrįstumą, t. y. gali prašyti pateikti papildomus dokumentus arba atlikti PVM mokėtojo dokumentų patikrinimą. Jeigu patikrinimas atliekamas, PVM permoka grąžinama tik pabaigus tikrinimą, bet ne vėliau kaip per 20 kalendorinių dienų po mokesčių administratoriaus pažymos ar sprendimo dėl patikrinimo akto įteikimo mokesčių mokėtojui dienos; jeigu patikrinimas neatliekamas, PVM permoka turi būti grąžinama ne vėliau kaip per 30 dienų po prašymo įteikimo dienos. Tais atvejais, kai mokesčių inspekcija paprašo pateikti papildomus dokumentus, šis 30 dienų terminas skaičiuojamas nuo kitos dienos po pareikalautų dokumentų gavimo dienos.

Nuo 2010 metų nebegalioja PVM įstatymo nuostatos, pagal kurias PVM mokėtojui buvo keliami reikalavimai būti sumokėjus visus privalomus mokesčius, delspinigius, baudas, palūkanas už suteiktas mokestines paskolas arba būti pateikus prašymą atidėti šiuos mokėjimus. Iki 2009 metų pabaigos galiojo įstatymo nuostata, kad jeigu PVM mokėtojas padarė piktybinį pažeidimą, numatytą mokesčių administravimo įstatyme, turi būti praėję 3 metai nuo jo padarymo iki PVM permokos grąžinimo. Nuo 2010 metų šių ribojančių nuostatų PVM įstatyme nebėra. Mokesčio permoka gali būti grąžinta (įskaityta), jei ji susidarė ne anksčiau kaip einamaisiais ir per prieš juos einančius penkerius kalendorinius metus. PVM mokesčio permoka grąžinama tik į mokesčių mokėtojo sąskaitą.

PVM grąžinimas gali būti sustabdomas, kai mokesčių inspekcija gauna duomenis apie pradėtą PVM mokėtojo veiklos tyrimą dėl nusikalstamos veikos, jeigu tai susiję su netinkamu PVM prievolių vykdymu.