Ekologinio ūkininkavimo reikalavimai ir produkciją gaminantiems, ir sėklininkystės ūkiams yra vienodi: visi privalo vadovautis ES Tarybos reglamentu (EEB) Nr. 2092/91 ir Ekologinio žemės ūkio taisyklėmis.

Daugelis ūkininkų iš pradžių ekologiškai ūkininkauti pradeda tik dalyje savo ūkio, o kitoje dalyje, kaip ir anksčiau, ūkininkauja įprastai. Tokiu atveju kebliau būna naudoti techniką ir inventorių ar auginti paralelinę produkciją. Prieš naudojant tą pačią techniką įprastinėje ūkio dalyje ir ekologinės gamybos laukuose, ją reikia gerai išvalyti arba pirma išdirbti ekologinius laukus, o tik po to pereiti į įprastinę ūkio dalį. Be to, gautą produkciją reikia atskirai transportuoti, sandėliuoti, valyti ir realizuoti.

Auginant tos pačios rūšies ir veislės augalus ekologinėje ir įprastinėje ūkio dalyse, gaunama paralelinė produkcija. Tokiu atveju sertifikacijos įstaiga neleidžia iš ekologinės dalies gautos produkcijos realizuoti kaip ekologiškos. Tik realizavus įprastinę produkciją ir pateikus tai įrodančius dokumentus, išimtiniais atvejais išduodamos pažymos (galiojančios tik su sertifikatu), leidžiančios realizuoti ekologišką produkciją.

Ekologinės gamybos ūkis negali būti plėtojamas užterštoje aplinkoje. Todėl nuo jį supančių taršos šaltinių būtina įrengti apsaugos juostas, kurių dydis nustatytas 2005 m. gegužės 3 d. LR Žemės ūkio ministro įsakymu Nr. 3D–254. Šiame įsakyme nurodoma, kad nuo kelių (priklausomai nuo eismo intensyvumo) iki ekologinio pasėlio ribos reikia palikti 20 metrų (jei keliu pravažiuoja daugiau kaip 250 automobilių per parą); 50 m (daugiau kaip 700 automobilių); 70 m (daugiau kaip 3 000 automobilių); 150 m (daugiau kaip 7 000 automobilių); nuo kitų kelių reikia 1–5 metrų apsauginės juostos.

Nuo įprastinių nechemizuotų ar nedirbamų laukų bei dirvonų užtenka 1–5 m apsauginės juostos, o nuo chemizuotų laukų reikia palikti 5–10 m apsauginę juostą. Intervalas taikomas dėl to, kad ūkininkas pats galėtų nuspręsti, kaip ir kokią techniką naudos paliktos apsaugos juostos priežiūrai. Nuo sąvartynų reikia palikti 500 m, nuo veikiančių tradicinio laidojimo kapinių – 300 m, nuo neveikiančių – 100 m apsaugos juostą. 2005 m. gegužės 25 d. Žemės ūkio ministro įsakymu Nr. 3D–284 Visuomenės sveikatos centras apskrityje savo sprendimu atstumą nuo kapinių iki ekologinių pasėlių gali sumažinti iki 50 m (turi būti išduodama tai patvirtinanti pažyma).

Nuo 2006 m. sausio 1 d. visi ekologiškai ūkininkaujantys žemdirbiai privalo naudoti tik ekologinės gamybos metodu išaugintas sėklas (būtina turėti Valstybinės sėklų ir grūdų tarnybos prie ŽŪM išduotą sėklos sertifikatą) ar augalų (bulvių) dauginamąją medžiagą. Visą informaciją apie tai galima surasti Ekologiškos augalų dauginamosios medžiagos duomenų bazėje adresu www.ris.lt.

Jei Lietuvoje nėra norimos veislės ir kategorijos ekologiškų sėklų, taikomos išimtys ir leidžiama naudoti įprastinę sertifikuotą sėklą. Pareiškėjas su nustatytos formos prašymu (F-088) naudoti įprastinę sėklą savo ekologinės gamybos ūkyje gali kreiptis į sertifikavimo įstaigą „Ekoagros“, nurodydamas augalo sėklos rūšį, veislę, kategoriją, kiekį ir įsigijimo šaltinį. Sėklos negali būti apdorotos neleistinomis medžiagomis.

Komisijos Reglamento (EB) Nr. 1452/2003 septintame punkte nurodoma, kad kol Europos Bendrijos lygiu nebus patvirtinti kriterijai, iš kur naudoti augalų dauginamąją medžiagą (išskyrus sėklines bulves), kiekviena valstybė narė tai turi nuspręsti savo nuožiūra. Dėl šio punkto jokio nacionalinio teisės akto ar žemės ūkio ministro įsakymo nėra išleista, todėl daugiamečiams augalams (obelaitėms, kriaušaitėms, šaltalankiams ir kt.) įsigyti leidimų iš sertifikavimo įstaigos nereikia – naudoti savo ekologinės gamybos ūkyje šių augalų sodmenis galima įsigijus jų iš įprastinių ūkių. Tačiau, norint išvengti paplitusių ligų ir įveisti atsparesnių ir geriau derančių veislių augalus, reikėtų naudoti sertifikuotą, iš sodininkystės ūkio įsigytą, augalų dauginamąją medžiagą.

Ekologinėje gamyboje draudžiama naudoti GMO (genetiškai modifikuotus organizmus) ir medžiagas, kurių sudėtyje yra GMO. Naudojant produktus iš GMO padidintos rizikos grupės sąrašo, būtina turėti pažymas, kad tas produktas nėra genetiškai modifikuotas. Taip pat draudžiama naudoti sintetines trąšas ir pesticidus. Ekologinės gamybos ūkiuose leidžiami naudoti preparatai dažniausiai būna natūralios kilmės arba pagaminti iš natūralių medžiagų. Visos kitos medžiagos ar produktai, nepaminėti Reglamento prieduose, gali būti naudojami tik gavus sertifikavimo įstaigos leidimą.

Ekologiniam ūkiui sėklas ir dauginamąją medžiagą galima įsigyti trimis būdais:

• iš Valstybinės sėklų ir grūdų tarnybos atestuotų ekologiškų sėklų tiekėjų;
• iš ekologinės gamybos ūkių, kuriuose išaugintą produkciją galima naudoti kaip sėklas (turi būti ne tik ekologinės gamybos ūkio sertifikatas, bet dar ir sėklos sertifikatas);
• naudoti savo ekologinėje ūkio dalyje išaugintą ūkinę sėklą.

Visai įsigytai sėklai ar dauginamajai medžiagai būtina turėti kilmę patvirtinančius dokumentus. Sėklos, visas augalas ar vegetatyvinė augalo dalis yra ekologiški, jei:

• nėra genetiškai modifikuoti.
• sėklos auginamos ekologinės gamybos ūkyje vieną generaciją (vienamečių augalų – vienerius metus, daugiamečių – dvejus).
• dauginamoji medžiaga apdorota tik ES Tarybos reglamente (EEB) Nr. 2092/91 nurodytomis priemonėmis.

2006 m. pavasario ir rudens sėjai „Ekoagros“ iš viso išdavė 1 204 leidimus naudoti neekologiškas sėklas ekologinės gamybos ūkiuose. Kaune buvo išduoti 557 leidimai, Telšių filiale – 339, Utenos filiale – 308 leidimai. Iš viso leista naudoti apie 3 530 tonų neekologiškų sėklų, iš jų varpinių augalų – 2 351,5 t, ankštinių – 1 011,6, pluoštinių – 20, kaupiamųjų – 93,2 ir daugiamečių ­žolių – 53 tonas. Daugelis ūkininkų pavasario sėjai naudojo savo ekologinėje ūkio dalyje išaugintą produkciją. Nemaža dalis ūkininkų sėjo sėklą, įsigytą iš kito ekologinio ar įprastinio ūkio, bet nesertifikuotą Valstybinės sėklų ir grūdų tarnybos. Tai yra draudžiama pagal Komisijos Reglamentą (EB) Nr. 1452/2003, todėl minėtais atvejais buvo taikomos sankcijos (įspėjimas).