Skalses sukeliančio grybo skleročiai žiemoja viršutiniame dirvos sluoksnyje, jos paviršiuje arba įsimaišę į sėklas. Javų žydėjimo pradžioje dirvos paviršiuje ar viršutiniame jos sluoksnyje (peržiemoję ar patekę su sėkla) skalsių skleročiai pradeda dygti. Kiekvienas sklerotis gali išauginti iki 60–70 stromų. Jos būna 0,5–2,5 cm aukščio, savo išvaizda primena labai mažus miško grybus. Stromų galvutėse vystosi periteciai su daugybe askų. Juose esančias askosporas vėjas ir vabzdžiai perneša ant žydinčių varpinių augalų. Jos sudygsta, grybiena įauga į mezginę, kur susiformavusios grybo konidijos su saldžiu skysčiu – vadinamąja „medaus rasa” – išsiveržia į išorę. Šis skystis vilioja vabzdžius. Klampų skystį su grybo konidijomis vabzdžiai perneša ant sveikų žiedų. Konidijas taip pat platina ir lietaus lašai, jos persiduoda ir tiesioginiu kontaktu besiliečiant varpoms. Kuo ilgesnis varpinių javų ar žolių žydėjimo laikotarpis, tuo didesnė rizika užsikrėsti skalsėmis. Lietus žydėjimo metu taip pat didina užsikrėtimo skalsėmis riziką.

Užkrėstose mezginėse vietoj sveiko grūdo vystosi grybiena ir susiformuoja skalsėms būdingi skleročiai. Jie subręsta tuo pačiu metu kaip ir grūdai. Subrendę skleročiai nukrenta ant žemės arba kūlimo metu patenka į grūdus. Nukūlus žieminių rugių ir kvietrugių pasėlius, kartais viename kilograme grūdų randama 20–50 ar net daugiau skleročių. Į grūdus įsimaišę grybo skleročiai – skalsgrūdžiai – juos užteršia, yra sunkiai išvalomi, nes daugumos dydis ir masė atitinka grūdo dydį ir masę. Jie pasėjami kartu su sėkla, ir taip užkrečiamos naujos dirvos. Be to, skalsių skleročiai yra nuodingi žmonėms ir gyvuliams.

Skalsių pažeidimo intensyvumą pasėliuose lemia labai daug veiksnių: meteorologinės sąlygos žydėjimo metu, pradinės infekcijos kiekis pasėlyje, auginamos veislės, kaimyniniuose laukuose ar lauko pakraščiuose augantys kiti varpiniai augalai. Valstybinės augalų apsaugos tarnybos duomenimis, skalsėmis užkrėstų javų pasėlių randama kasmet. Pernai rugių pasėliuose vidutiniškai rasta 4,8 proc. skalsėtų varpų, kvietrugių – 2,6 proc. Tačiau buvo rugių pasėlių, kuriuose rasta 13–19 proc., o kvietrugiuose – net iki 77,3 proc. skalsėtų varpų. Lietuvos žemdirbystės institute darytų tyrimų duomenimis, skalsės iš esmės mažina varpoje esančių grūdų skaičių ir jų masę.

Skalsių plitimui sumažinti ar sustabdyti nėra vienos tikrai efektyvios priemonės. Būtina taikyti visą kompleksą profilaktinių, agrotechninių ir net cheminių priemonių. Profilaktinei apsaugai svarbu nušienauti lauko pakraščius, naikinti varpines piktžoles iki javų žydėjimo. Gilus arimas taip pat yra svarbi profilaktinė apsaugos priemonė nuo skalsių, kadangi giliai užarti skalsgrūdžiai supūva. Jie sudygsta tik viršutiniame (iki 5 cm) dirvos sluoksnyje arba dirvos paviršiuje.

 
Užsikrėtimo skalsėmis rizika sumažėja laikantis sėjomainos, kadangi skalsių skleročiai gyvybingi dažniausiai išlieka tik vienerius metus. Auginant jautrius skalsėms javus ar žoles, reikėtų į tą patį lauką jų nesėti bent metus.
Kuo atsparesnių skalsėms veislių auginimas taip pat veiksminga profilaktinė priemonė. Literatūroje nurodoma, kad jautresni skalsėms būna tetraploidinių ir hibridinių veislių javai.

Sėklų valymas yra dažniausiai taikoma profilaktinė priemonė, tačiau grūdo dydžio skleročiai išlieka ir su sėkla patenka į dirvą. Išvalytoje sėkloje dar lieka apie 25 proc. skalsgrūdžių, palyginti su pradiniu skalsių kiekiu varpose. Sėjant beicuotą sėklą, joje esančių skalsių skleročių daigumas sumažėja arba jie visai nebesudygsta. Net ir mažiau efektyvūs beicai dažniausiai suvėlina stromų susidarymą ir sutrumpina pirminio užsikrėtimo askosporomis laikotarpį. Prieš kelerius metus (1997 m. Lietuvos žemdirbystės institute, 2002–2003 m. Šiaulių universitete) buvo tirtas beicų poveikis skalsių skleročių daigumui. Panaudojus beicus, daugeliu atveju skalsių skleročių daigumas sumažėjo.

Vien tik sėjant beicuotą sėklą, nereikia tikėtis, kad skalsės pasėlyje neplis. Būtina laikytis ir kitų jau išvardintų apsaugos priemonių. Beicuojant sėklą, apsaugoma tik nuo užkrato, esančio sėkloje. Sėjant beicuotą sėklą, javai taip pat apsaugomi ir nuo kitų su sėkla plintančių ligų.